Los restos de pterosaurios no son muy abundantes en el yacimiento de Las Hoyas. De hecho nunca se ha encontrado material articulado, sólo la revisión de aquellos ejemplares fragmentarios en la colección permitió la identificación de dientes aislados y algunas partes anatómicas craneales.
A pesar de ello, la diversidad en cuanto al número de especies es considerable. Los dientes aislados pertenecen a individuos de tamaño medio a grande y han sido atribuidos a pterodactyloides (Vullo et al., 2009). El otro ejemplar hallado corresponde a una mandíbula y parte del cráneo de un pterosaurio relacionado con especies de Brasil y China
